明祖陵是我國唯一依湖傍水的帝王陵，是明太祖朱元璋的高祖、曾祖、祖父的衣冠塚及其祖父的實際葬地。位於今天淮河和洪澤湖交一匯處。
西元1368年，朱元璋一統天下以後，命太子朱標修建泗州祖陵，本想光宗耀祖，沒想到祖陵竟沉入湖底300多年，使其成為全國唯一的水下皇陵。直到1963年明祖陵才得以重見天日。朱元璋為什麼要將祖宗的陵墓建在如此低窪的地方，最終導致祖陵被淹呢？
據資料介紹，朱元璋祖居江蘇省句容縣通德鄉朱家巷。元朝元年，朱元璋的祖父為躲避元代繁重的賦役，率領全家遷居到安徽泗州城北。傳說一個道士路過此處楊家墩，對其祖父說：「葬於此處，後代可出天子。」十年後，祖父去世，朱元璋的父親如道士所言，將其葬於楊家墩。西元1352年，朱元璋參加了郭子興領導的紅巾軍。
西元1368年，朱元璋一統天下、建立明朝，為感激祖宗的恩德，便決定修建祖陵。朱元璋命皇太子朱標，帶領文武群臣和工匠，到泗州城北楊家墩，開始修建祖陵。經過28年，耗費大量資金，到西元1413年陵墓全部修建成功。明祖陵的修建，前後歷時近30年。
據史料記載，明祖陵坐落在洪澤湖西畔的淮河入湖處，建築規模浩大、極其壯觀。由於明祖陵位於有著「九崗十八窪」的丘崗之地，連年遭受水患，歷代明朝皇帝都要對其增修堤防。
由於淮河中、下游連年洪水氾濫，祖陵不斷遭受水患。西元1680年，明祖陵被特大洪水淹沒，明祖陵和泗州古城一起被淪入洪澤湖中
經過湖水長期的浸蝕和衝擊，墳丘已被蕩平，原有殿宇建築和城垣倒塌，石刻全部倒伏在地。沒於湖水的明祖陵，數百年間無人知曉，漸漸被人們遺忘了。
直到1963年，洪澤湖遇特大乾旱，水位下降厲害，湖裡的石馬、雄獅等雕像露出了地表，其中有倒在泥水中的20對石象生，在地下沉睡將近300年的明祖陵外城牆終於重見天日，引起考古界的巨大震動。
大水塘下隱約露出的幾個拱形門，那是墓穴，當中是朱元璋的祖父母，兩旁則是曾祖、高祖。而朱元璋的祖父母則葬在離此不遠的高埂上。歷史上很多皇陵要麼在戰亂中遭到破壞，要麼就是被盜墓賊光顧。而明祖陵因為常年累月埋在水底，所以保存完好。
據專家估計，地宮內的文物包括詔書、衣飾和各類殉葬品，價值之大難以估量，為了保護地宮甬道和拱門下的文物不被氧化風化，考古部門決定暫時不發掘明祖陵，向地宮中注水保持地宮內外濕度一致，明祖陵地宮甬道和拱門又重歸水下。
如今，地宮依然完好封存於景區內的月牙形水塘。水位下降的時候就會露出地宮入口的拱門和甬道。然而一水之隔，卻成了至今困擾史學家的謎團。
